python下科学计算包numpy和scipy的安装

python下大多数工具包的安装都很简单,只需要执行 “python setup.py install”命令即可。然而,由于scipy和numpy这两个科学计算包的依赖关系较多,安装过程较为复杂。网上教程较为混乱,而且照着做基本都不能用。在仔细研读各个包里的readme和install之后,终于安装成功。现记录如下。

系统环境:os:redhat5 python版本:python2.7.3 gcc版本:4.1.2

各个安装包版本:scipy-0.11.0 numpy-1.6.2 nose-1.2.1 lapack-3.4.2 atlas-3.10.0依赖关系:scipy的安装需要依赖于numpy、lapack、atlas(后两者都是线性代数工具包,不清楚的自行google之。。。),而numpy和sci的测试程序的运行又依赖于nose,因此,整个安装过程必须要按顺序执行的,否则是无法执行下去的。

安装步骤:1、安装nose这个安装比较简单,解压缩nose的安装文件,进入nose的目录,直接运行setup.py即可:tar -zxvf nose-1.2.1.tar.gz cd nose-1.2.1 python setup.py install 2、安装lapack由于最新版本的atlas可以直接集成lapack的安装压缩文件进行编译,因此,如果仅在python下使用的话,可以不用安装lapack。只需要下载压缩文件:lapack-3.4.2.tgz 即可。3、安装atlas这个的安装主要是配置一些选项,包括配置成64位库文件、位置无关的以及共享的链接库。详细的配置说明在atlas安装包 doc/ 下的pdf文件中。可查阅。 下面是我的安装过程:tar -jxvf atlas3.10.0.tar.bz2 cd atlas mkdir obj64 ../configure -b 64 -fa alg -fpic -shared –prefix=/配置atlas的安装路径/atlas –with-netlib-lapack-tarfile=/lapack安装压缩文件存放的目录/lapack-3.4.2.tgz (注:这个配置时间非常长,在core i7 处理上,大概1个小时左右)make(下面是一些检查过程,保证没有问题之后再进行安装)make check make time make install至此,atlas安装完成。不过我们要记录下编译过程中所用的fortran编译器类型,这个信息在下面安装numpy和scipy的时候要用。还是在目录 obj64/ 下,执行fgrep ‘f77 =’ make.inc可以看到 f77 = gfortran记下这个编译器类型 gfortran. 4、安装numpy numpy和scipy的安装过程都要显式的指明所用fortran编译器的类型,而且要与前面编译atlas时一致(在本文中即:gfortran),这一点非常重要,否则很多功能都会出错。 首先配置numpy目录下的site.cfg文件,指明atlas库的位置:tar -zxvf numpy-1.6.2.tar.gz cd numpy-1.6.2 cp site.cfg.example site.cfg vim site.cfg配置成如下格式:[default] library_dirs = /usr/local/lib:/atlas的安装目录/atlas/lib include_dirs = /usr/local/include:/atlas的安装目录/include [blas_opt] libraries = f77blas, cblas, atlas [lapack_opt] libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas [amd] amd_libs = amd [umfpack] umfpack_libs = umfpack接下来配置安装numpy所需要的fortran编译器类型: 如果前面得到的fortran编译器是gfortran的话,执行:pythonsetup.py build –fcompiler=gnu95如果前面得到的fortran编译器是g77的话,执行:python setup.py build –fcompiler=gnu然后执行python setup.py install安装完成5、安装scipy与安装numpy类似:tar -zxvf scipy-0.11.0.tar.gz cd scipy-0.11.0 vim site.cfg配置成如下格式:[default] library_dirs = /usr/local/lib:/atlas的安装目录/atlas/lib include_dirs = /usr/local/include:/atlas的安装目录/include [blas_opt] libraries = f77blas, cblas, atlas [lapack_opt] libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas [amd] amd_libs = amd [umfpack] umfpack_libs = umfpack接下来配置安装numpy所需要的fortran编译器类型: 如果前面得到的fortran编译器是gfortran的话,执行:python setup.py build –fcompiler=gnu95如果前面得到的fortran编译器是g77的话,执行:python setup.py build –fcompiler=gnu然后执行python setup.py install安装完成 然后可以在python下执行相应的测试程序:python >>> import nose >>> import numpy >>> import scipy >>> numpy.test(‘full’)等待。。。。>>> scipy.test(‘full’)到这里,整个安装过程结束。

《python核心编程 第二版》.(wesley j. chun ).[高清pdf中文版] http://www.linuxidc.com/linux/2013-06/85425.htm

《python开发技术详解》.( 周伟,宗杰).[高清pdf扫描版+随书视频+代码] http://www.linuxidc.com/linux/2013-11/92693.htm

python脚本获取linux系统信息 http://www.linuxidc.com/linux/2013-08/88531.htm

在ubuntu下用python搭建桌面算法交易研究环境 http://www.linuxidc.com/linux/2013-11/92534.htm

python 语言的发展简史 http://www.linuxidc.com/linux/2014-09/107206.htm

python 的详细介绍:请点这里python 的下载地址:请点这里

更多redhat相关信息见redhat 专题页面 http://www.linuxidc.com/topicnews.aspx?tid=10

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